# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID ADI #=GF AC PF02274.20 #=GF DE Arginine deiminase #=GF AU Chuguransky S;0000-0002-0520-0736 #=GF GA 22.8 22.8 #=GF NC 22.7 22.7 #=GF TC 22.8 22.8 #=GF PI Amidinotransf; #=GF SE Pfam-B_5784 (release 5.2) and Pfam-B_1850 (release 5.5) #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Family #=GF CL CL0197 #=GF RN [1] #=GF RM 9393705 #=GF RT The arginine deiminase pathway in Rhizobium etli: DNA sequence #=GF RT analysis and functional study of the arcABC genes. #=GF RA D'Hooghe I, Vander Wauven C, Michiels J, Tricot C, de Wilde P, #=GF RA Vanderleyden J, Stalon V; #=GF RL J Bacteriol 1997;179:7403-7409. #=GF RN [2] #=GF RM 11504612 #=GF RT A novel superfamily of enzymes that catalyze the modification of #=GF RT guanidino groups. #=GF RA Shirai H, Blundell TL, Mizuguchi K; #=GF RL Trends Biochem Sci 2001;26:465-468. #=GF RN [3] #=GF RM 14675764 #=GF RT Prediction of the structure and function of AstA and AstB, the #=GF RT first two enzymes of the arginine succinyltransferase pathway of #=GF RT arginine catabolism. #=GF RA Shirai H, Mizuguchi K; #=GF RL FEBS Lett 2003;555:505-510. #=GF DR SCOP; 1jdw; fa; #=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region; #=GF CC This family contains arginine deiminases, EC:3.5.3.6., enzymes #=GF CC that catalyse the reaction: arginine + H2O <=> citrulline + NH3. #=GF CC These enzymes belong to the amidinotranferase (AT) superfamily, #=GF CC which share the alpha/beta fold including structurally important #=GF CC residues, i.e buried hydrophobic residues, buried hydrophilic #=GF CC residues hydrogen-bonded with mainchain groups and a structural #=GF CC hallmark of three consecutive buried Gly residues near the #=GF CC C-terminus, conserved among these proteins [1-3]. #=GF SQ 1630 Q2FUX7.1/37-408 -GLLFDDIPYLEVAQ.KEHDHFAQVL...........R...E...E...GV.E..VLYLEKLA...A....E...S.IE....N....P...Q.......V.R.S...E.F.I.D..D.....V...L.A.E.............S.....K.K..T.......I.L.G...H........E.E..........E..I.K..A...L.FA.T.--.....................-LSNQEL.....V.DK.I.M.S.G.VR....K...E.....E....I.......N.....P..K...C...T....H......L....V...E.....Y....M.....D....D...K.....Y.....PFYL.D...P...M...P...N...L...YFTRDPQASIGHG............IT.I.NRMFW.RARRR.E.....S.I.....F...I.Q.....YI.....VKH...HP.....R.....F..........K............D..........A..........N...........I..........P..........I..........W..........L.......D...............R..........D.........C.........-..........-........-....-...P.........FN....IEG.GDELVL....SK.D...V......LAIG..........V..........S.E........RT..S.A....QAIEK.LAR..R...I...FENp.............qATF.KKV......V.....A...I.....E.....I........P........T.....S.......R.......T..............F..........M........HLDT.......VFTMID.......YD.K.FT.M....H....S.A...IL..K......A...E.....G...N.M.N...I...F...II.EYDD...................................VNK..D..I..A..I.K.Q.S..S.HLKD....TLEDV................................L..G..I..D..D.I......QF..IPT..G..........N......G.D..vID.G.....AR.......EQ...WN.DG....SNTLCI...R.....PG..V.....V.V...T...YD..RN...Y..V..........S.N.D...LL.RQK.............................................GI..K..V.I....EISGSE......L...V.R.GR.GGPRCMSQPLFR Q38YQ6.1/36-406 -RLLFDDIPYLPTIQ.KEHDQFAQTL...........R...D...N...GV.E..VLYLENLA...A....E...A.ID....A....G...D.......V.K.E...A.F.L.D..K.....M...L.N.E.............S.....H.I..K.......S.P.Q...V........Q.A..........A..L.K..D...Y.LI.S.M-.....................-ATLDMV.....E.KI.M.A.G.V.RT....N...E.....I....D.......I.....K..S...K...A....L......I....D...V.....S....A.....D....G...D.....Y.....PFYM.D...P...M...P...N...L...YFTRDPAASMGDG............LT.I.NKMTF.EARQR.E.....S.M.....F...M.E.....VI.....MQH...HP.....R.....F..........A............N..........Q..........G...........A..........Q..........V..........W..........R.......D...............R..........D.........H.........-..........-........-....-...I.........DR....MEG.GDELIL....SD.K...V......LAIG..........I..........S.Q........RT..S.A....QSIEE.LAK..V...L...FAN..............hSGF.EKI......L.....A...I.....K.....I........P........H.....N.......H.......A..............M..........M........HLDT.......VFTMID.......YD.K.FT.I....H....P.G...IQ..G......A...G.....G...M.V.D...T...Y...IL.EPG-...................................NND..E..I..K..I.T.H.Q..T.DLEK....VLRDA................................L..E..V..P..E.L......TL..IPC..G..........G......G.D..aVV.A.....PR.......EQ...WN.DG....SNTLAI...A.....PG..V.....V.V...T...YD..RN...Y..V..........S.N.E...NL.RQY.............................................GI..K..V.I....EVPSSE......L...S.R.GR.GGPRCMSMPLVR P13981.2/38-413 DELLFDDVIWVNQAK.RDHFDFVTKM...........R...E...R...GI.D..VLEMHNLL...T....E...T.IQ....N....P...E.......A.L.K...W.I.L.D..R.....K...I.T.A.............D.....S.V..G.......L.G.L...T........S.E..........L..R.S..W...L.ES.L.EP.....................RKLAEYL.....I.GG.V.A.A.D.DL....P...A.....S....E.......G.....A..N...I...L....K......M....Y...R.....E....Y.....L....G...H.....S.....SFLL.P...P...L...P...N...T...QFTRDTTCWIYGG............VT.L.NPMYW.PARRQ.E.....T.L.....L...T.T.....AI.....YKF...HP.....E.....F..........A............N..........A..........E...........F..........E..........I..........W..........Y.......G...............D..........P.........D.........K..........D........H....G...S.........ST....LEG.GDVMPI....GN.G...V......VLIG..........M..........G.E........RS..S.R....QAIGQ.VAQ..S...L...FAK...............GAA.ERV......I.....V...A.....G.....L........P........K.....S.......R.......A..............A..........M........HLDT.......VFSFCD.......RD.L.VT.V....F....P.E...VV..-......K...E.....I...V.P.F...S...L...RP.DPSS...................................PYG..M..N..I..R.R.E.E..K.TFLE....VVAES................................L..G..L..K..K.L......RV..VET..G..........G......N.S...FA.A.....ER.......EQ...WD.DG....NNVVCL...E.....PG..V.....V.V...G...YD..RN...T..Y..........T.N.T...LL.RKA.............................................GV..E..V.I....TISASE......L...G.R.GR.GGGHCMTCPIVR A0A398BEX3.1/36-407 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Q81II1.1/36-407 -QLLFDDIPYLPIIQ.KEHDYFAQTL...........R...N...R...GV.E..VLYLEKLA...A....E...A.LV....D....K...K.......L.R.E...E.F.V.D..R.....I...L.K.E.............G.....Q.A..D.......V.N.V...A........H.Q..........T..L.K..E...Y.LL.S.F-.....................-SNEELI.....Q.KI.M.G.G.V.RK....N...E.....I....E.......T.....S..K...K...T....H......L....Y...E.....L....M.....E....D...H.....Y.....PFYL.D...P...M...P...N...L...YFTRDPAASVGDG............LT.I.NKMRE.PARRR.E.....S.L.....F...M.E.....YI.....IKY...HP.....R.....F..........A............K..........H..........N...........V..........P..........I..........W..........L.......D...............R..........D.........Y.........-..........-........-....-...K.........FP....IEG.GDELIL....NE.E...T......IAIG..........V..........S.A........RT..S.A....KAIER.LAK..N...L...FSR..............qNKI.KKV......L.....A...I.....E.....I........P........K.....C.......R.......A..............F..........M........HLDT.......VFTMVD.......YD.K.FT.I....H....P.A...IQ..G......P...K.....G...N.M.N...I...Y...IL.EKGS...................................DEE..T..L..K..I.T.H.R..T.SLME....ALKEV................................L..G..L..S..E.L......VL..IPC..G..........G......G.D..vIA.S.....AR.......EQ...WN.DG....SNTLAI...A.....PG..V.....V.V...T...YD..RN...Y..V..........S.N.T...LL.REH.............................................GI..E..V.I....EVLSSE......L...S.R.GR.GGPRCMSMPIVR A0A2N5G631.1/52-423 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Q9KUU2.1/34-404 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V9W5W2.1/36-407 -QLLFDDIPYLPIIQ.KEHDYFAQTL...........R...N...R...GV.E..VLYLEKLA...A....E...A.LV....D....E...Q.......I.R.E...E.F.V.D..Q.....M...L.A.E.............S.....H.A..S.......V.N.G...A........Y.Q..........T..L.K..E...Y.LL.S.F-.....................-SNEELI.....Q.KI.M.G.G.V.LK....K...E.....A....E.......T.....S..K...K...I....H......L....Y...E.....L....M.....E....D...H.....Y.....PFYL.D...P...M...P...N...L...YFTRDPAAAIGDG............LS.I.NKMRE.PARRR.E.....S.L.....F...M.Q.....YI.....MRY...HP.....R.....F..........K............D..........H..........D...........V..........P..........V..........W..........L.......D...............R..........D.........Y.........-..........-........-....-...E.........FP....IEG.GDELLL....ND.E...V......IAIG..........V..........S.V........RT..S.A....KAIER.LAK..N...L...FSR..............qDRI.RKV......L.....A...I.....E.....I........P........K.....C.......R.......A..............F..........M........HLDT.......VFTMVD.......YG.K.FT.I....H....P.A...IQ..R......P...E.....G...D.M.N...I...F...IL.EKGA...................................DEE..S..L..Q..I.T.R.C..T.CLTK....ALKEA................................L..S..L..D..E.L......TL..IPC..G..........G......G.D..aIA.S.....AR.......EQ...WN.DG....SNTLAI...A.....PG..V.....V.V...T...YD..RN...Y..V..........S.N.A...LL.REH.............................................GI..E..V.I....EVPSSE......L...S.R.GR.GGPRCMSMPIVR 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D6GTZ4.1/38-407 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W1V452.1/37-409 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W2C0C9.1/36-403 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A0A6B2S2C6.1/33-405 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A0A4R2R543.1/44-405 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A0A1M6MYA5.1/34-400 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Q73QJ2.1/34-406 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A0A6N7HPF2.1/87-450 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A0A1H1L2P8.1/39-399 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