# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID SRP9-21 #=GF AC PF05486.15 #=GF DE Signal recognition particle 9 kDa protein (SRP9) #=GF PI SRP9; #=GF AU Moxon SJ;0000-0003-4644-1816 #=GF SE Pfam-B_7787 (release 8.0) #=GF GA 21.00 21.00; #=GF TC 21.10 21.00; #=GF NC 20.90 20.90; #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF CL CL0623 #=GF RN [1] #=GF RM 7730321 #=GF RT Human signal recognition particle (SRP) Alu-associated protein #=GF RT also binds Alu interspersed repeat sequence RNAs. #=GF RT Characterization of human SRP9. #=GF RA Hsu K, Chang DY, Maraia RJ; #=GF RL J Biol Chem 1995;270:10179-10186. #=GF RN [2] #=GF RM 7925282 #=GF RT Subunits of the Saccharomyces cerevisiae signal recognition #=GF RT particle required for its functional expression. #=GF RA Brown JD, Hann BC, Medzihradszky KF, Niwa M, Burlingame AL, #=GF RA Walter P; #=GF RL EMBO J. 1994;13:4390-4400. #=GF DR INTERPRO; IPR039432; #=GF DR SCOP; 1e8o; fa; #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC This family consists of several eukaryotic SRP9 proteins. SRP9 #=GF CC together with the Alu-homologous region of 7SL RNA and SRP14 #=GF CC comprise the "Alu domain" of SRP, which mediates pausing of #=GF CC synthesis of ribosome associated nascent polypeptides that have #=GF CC been engaged by the targeting domain of SRP [1]. This family #=GF CC also contains the homologous fungal SRP21 [2]. #=GF SQ 2323 A0A161W7L7.1/4-103 YKTSQEWLEQSSLLLQ...ARPA.T............TR.....IT..TKYSIK..........pVKPRKS..KT.ST..EDAtaT.G.D.AP..M..T.DAK...................................PPRGSLVLKTFD.PA.S.G......V.......TLKYR...TTKAAEVSRLV.TCLG.T.LGRTM G2QCY8.1/5-105 -AKSEDWLHQSSLLLQ...ARPS.T............TR.....IT..TRYHLKpa......rrvPKLKNS..DQ.DA..AGQ..K.A.Q.SP..E..T.QEK...................................PPRGHLVLKTYD.PH.S.G......V.......TLKYK...TSKAAEVTRLI.QMLG.T.LGRHM A0A4U6XUN4.1/4-103 YKTSQEWLEQSSLLLQ...ARPA.T............TR.....IT..TKYSIKl........vkPRKSKT..PT.ED..ATA..T.E.D.SP..M..T.DAK...................................PPRGSLVLKTFD.PV.S.G......V.......TLKYH...TTKAAEVSRLI.TCLG.T.LGRTM A0A162PGF7.1/4-103 YKTSQEWLEQSSLLLQ...ARPA.T............TR.....IT..TKYSIK..........pVKPRKS..KT.ST..EDA..T.V.A.ED..AlmT.DAK...................................PPRGSLVLKTFD.PA.S.G......V.......TLKYR...TTKAAEVSRLV.TCLG.T.LGRTM A0A4T0W9I9.1/4-103 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