# STOCKHOLM 1.0
#=GF ID SWI-SNF_Ssr4_C
#=GF AC PF20497.1
#=GF DE SWI/SNF and RSC complexes subunit Ssr4 C-terminal
#=GF AU Chuguransky S;0000-0002-0520-0736
#=GF GA 22.0 22.0
#=GF NC 21.9 21.8
#=GF TC 22.0 22.0
#=GF SE Wood V
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF RN [1]
#=GF RM 33263569
#=GF RT The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a
#=GF RT Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein.
#=GF RA Newman J, Nebl T, Van H, Peat TS;
#=GF RL Acta Crystallogr F Struct Biol Commun. 2020;76:583-589.
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This entry represents the C-temrinal domain of Ssr4 (SWI/SNF and
#=GF CC RSC complexes subunit ssr4), an essential component of the
#=GF CC chromatin-remodelling SWI/SNF and RSC (remodelling the structure
#=GF CC of chromatin) complexes only found in S. pombe [1]. This domain
#=GF CC contains a conserved RYxxxHEWMEEI/V motif. RSC is involved in
#=GF CC transcription regulation and nucleosome positioning which
#=GF CC controls, particularly, membrane and organelle development
#=GF CC genes. The ATP-dependent chromatin remodelling complex SWI/SNF
#=GF CC is required for the positive and negative regulation of gene
#=GF CC expression of a large number of genes through the regulation of
#=GF CC nucleosome remodelling.
#=GF SQ 64
H0EFB4.1/63-514      VDDEE.DTS..RGDLFDHTTPREISESRYKQNHEWMEEVLSSPYAINQLIPA.DLGLGV.RGQ.LVRLTEGIFD......................APLNPDTDVV-..K.HNYVGKLDPE...KAELFRKRVGDEISQTNKEMEKIKAKHAKRMAKFKRG.SLITQAEKQLRTA.V.ND.PAATGPEYWRLEGKI..........DTEDGDD.TPPVTQ..............TPSKVSDILAQVEASLGRHAAVVQELIC........VQKG....GYEEPVARPSPRAPvvp...........................sprvSPPASNNGS.Q...N.SG...V..L.VGDA.....DIEMG.........GSA.AGLLDQYH..--TGL..SS.NATPAS.gGFPTP..QPHLQ.A-PSSAGTP.-NL.......TGASPRPMGQTS.............................----MHQMP..HNEVNMSNMGQ....----TTEQPLDNGGSGDWVVV...PPGGVS..........PSN.....N.IAQAPIHTMQSSHMNAPTAGT..................----.----PASAPLTGNP..SPH.PTGSSNQTPL..A---DFH......tSPNDFA.DLGDLDSAGDALAGYgeg.lggdSGGLGDlTMDMD.gGMDDSAFGDAFHGVENP--
I1RC12.1/261-697     FDDEE.DVS..RGDMFDHLTPREISLSRYQQNHEWMEEILSSPYRISQITPA.DLNLGF.KGE.LASLTDGIFP......................AQGVEAFTSGP..E.KPYIGRLDPD...KAEEFRKRVNNHIDSTKSEIEKMQADHTKALAKFKEN.SLLNTKEKELRNV.-.--.TEGTGTEVWRIEGKV..........DPNDEDP.APRPTS..............-TKTVEEIVSEVENATGKKVEPKPTVSR........VQDG....GYQPPAPEPAQAGTs...............................qlSRQPSQSGS.Q...N.SG...I..M.IGES.....DIDMD.........GTV.AGLLDQMH..-----..TS.TSTPLN..AFGTP..QPQAS.ANQSGVGTP.SNA......nTAPVP-------.............................--------V..VGDVTMGGTQE....LKDSNVTAPDQGTGSGDWVVV...PKDGPS..........---.....N.EQADQQPGSGTASVNANTPV-..................----.-----APGIDATRS..VAK.TASAGATPAA..GTPGGSVs.....fDQNDFS.SLGDLDSAGDALAGFdgptldgsAGELGE.GLDLS.mDMDDSAFGDAFHGVDTSG-
G4NE39.1/269-753     YEDEE.DTS..RGDIFDSLTPRDVSMARYRQNYELMEEILCSPYRMGQIVMP.DLGLGL.KGE.LAGLTDGIFE......................AQGEGAHKTAP..K.KAYVGKLDGE...LADQFRKRVAEQIEATQTEIKALEAQHAKMMAEFESG.KLLMRAERDLRGV.S.KKsDSGSGGDFWRLEGRA..........DGIAEDG.TISLGRg............vDSKDLDQVVAEVEARVGRKAVAVQDVRR........VQDG....GYQEPVAPPPRVEPdpvlieaqqqqqplldpmlnhpaasagppaassmSRNPSHPGS.Q...H.SG...V..M.VGDS.....DVDMG.........NTA.AGLLDQMN..-PSGF..ST.TSTPVN..NFPTP..QPQLS.AAQSNAGTP.ANA.......GMPSPHPPPPQP.............................---QAAPST..SQDVDMGNTETp.asKEPTPPTAPDQGTGSGDWVVV...PKNAS-..........--D.....A.ASGSGVMGPSPNGGAGTPVPApgg...........apggAPAM.GNPATVAQKPAATA..AAA.PASVPAAPTP..---NKPL.......TPGDFS.NLGDLPGS----SEF........------.--DLN.mEMEDSAFGDAFHGVSESR-
G2Q103.1/268-707     FDDEE.DVS..RGDMFDHLSPRELSMARYQQNHEWMEEILSSPYRIGQIEAS.DLGLGR.KGE.LASLTEGIFE......................AQGADALVSGP..K.KPYTGRLDPG...LAAQFRERVKARNAAVTEEINRLKAQHAETVAKFRGN.AAIKLAEQELRSA.-.--.TEGTGSEIWRLEGRI..........EDGEESS.SSQWQG..............TTKSLDEIVARVEELIGKRAVAVSDVHR........VQDG....GYQQPAPDPEPVQPqpqapaa....................snppgsmSRQPSQAG-.-...-.SG...V..M.VGDS.....DVDMG.........GTA.AGLLD-MH..--SGF..SS.TSTPIN..SFPTP..QHHLS.AMPSAAATP.SNL.......NVPSPAPASQPP.............................------AQA..QQDVQMADAEA....PKDNTATAPDQGTDSGDWAVV...PKNDAI..........PPA.....T.TTA---STAQPPPATTTAAPS..................---T.GNATSVAGGSGNKP..A--.--SAAATPGG..L------.......DNNDFS.SLGDLDTAGDALASY........EPPSGD.ELNL-..DLEDSAFGDAFHGVEQA--
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Q7SFZ3.1/267-696     FDDEE.DVS..RGDLFDHLTPREVSIARYQQNHEWMEEILSSPYQIGQIEVS.DLGLGR.KGA.LASLTEGIFE......................AQSTEAVDHGP..K.KPYTGHLAPG...VADEFRKRVLEKNKADMEEIARMKADHEKALASLRKQ.SAIMQAEQDLRFA.-.--.VQETGSEAWRLEGRL..........EDDEDGS.SRQGQR..............NTRALEEILASVEKIVGKPATVVHDVHR........VEDG....GYQESAPEPEPSLPsvgq..........................appmSRQPSQAGS.Q...A.SG...A..I.IGDS.....DIDMG.........GTA.AGLLDQMN..TAGGF..ST.ASTPQ-..-----..ALNLS.ANPSSAATP.SAA.......NVASPQPPATNQ.............................--------G..GNDINMEDADA....-----EASAKVATSAPDQVPVatnPSGATT..........ASI.....P.QPPTTAGHSDAV---------..................----.----GVPAQQVPQP..SSK.PASVAPTPTG..-------.......EGIDFS.SLGDLDTAGEALAGYdp...psvGPGGDD.LGDLN.mDMEDSAFGDAFHEVSHSA-
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U7Q7R6.1/283-769     YDDEE.EYT..RGDMFDVITPRDVSLDRYKQNHEWMEEVISSPYRINQIGYA.DLGLGL.KGE.LAPITEGIFE......................GQAFDASQRVP..K.NPYVGRLDAG...LAADFRKRVEDKISATNDDIAEMKAQHEKLVASLRTN.SAMKKAEHDLRFT.-.--.AEETGPEIWRVEGRL..........HGDDDAA.ANNGAArgdasgdghwshqkHQKTVDEVVSHVESTLGRKVVASGAVVR........VQDG....GYREPSPEPEPEPEpelapevplisap........dgtgltapgsvslSQHPSPAGS.Q...L.SG...I..L.IGDA.....DMDMG.........DTA.AGMLDQME..--SVF..SP.ASTPI-..NFPTP..GAQAP.AAPPPASGL.SNVatatgaaGPTAPT-----Aig........................aagSGTGAPRQA..AGDVAMADAAG....-QSQP-GAGPTAGGADDWVVV...PPGGDG..........PPA.....G.ASGAAPNATTAAAGTAPVPPS..................TSAV.PTQPVKSPLAALGG..GSK.PESAVPTPGA..----GAV.......VDSDFG.SLADMSTGGDPLASI........----DD.GLDLN.mDMDDSAFGDAFHGS-----
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C8V646.1/425-471     -----.---..-----------------------------------------.------.---.----------......................-----------..-.----------...-------------------------------------.-------------.-.--.---------------..........-------.------..............----------------------------........----....--------------..................................---------.-...-.--...-..-.----.....-----.........---.--------..-----..--.------..-----..-----.---------.---.......------------.............................---------..-----------....---------------------...------..........---.....-.---------------------..................----.--------------..---.----------..-------.......TNFDFT.NM---DSAGDALAAY........-TEQND.GLDLP..DLENSAFGDAFHASDNENT
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