# STOCKHOLM 1.0
#=GF ID SWI-SNF_Ssr4_C
#=GF AC PF20497.1
#=GF DE SWI/SNF and RSC complexes subunit Ssr4 C-terminal
#=GF AU Chuguransky S;0000-0002-0520-0736
#=GF GA 22.0 22.0
#=GF NC 21.9 21.8
#=GF TC 22.0 22.0
#=GF SE Wood V
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF RN [1]
#=GF RM 33263569
#=GF RT The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a
#=GF RT Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein.
#=GF RA Newman J, Nebl T, Van H, Peat TS;
#=GF RL Acta Crystallogr F Struct Biol Commun. 2020;76:583-589.
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This entry represents the C-temrinal domain of Ssr4 (SWI/SNF and
#=GF CC RSC complexes subunit ssr4), an essential component of the
#=GF CC chromatin-remodelling SWI/SNF and RSC (remodelling the structure
#=GF CC of chromatin) complexes only found in S. pombe [1]. This domain
#=GF CC contains a conserved RYxxxHEWMEEI/V motif. RSC is involved in
#=GF CC transcription regulation and nucleosome positioning which
#=GF CC controls, particularly, membrane and organelle development
#=GF CC genes. The ATP-dependent chromatin remodelling complex SWI/SNF
#=GF CC is required for the positive and negative regulation of gene
#=GF CC expression of a large number of genes through the regulation of
#=GF CC nucleosome remodelling.
#=GF SQ 210
A0A1Q8RVI0.1/268-727  -DDEE.--L..E..KDLFDHLTPRDISFARYQQNHEWMEEIVSSPYGLTQI...APP.DLGLG.L.KGE.LESLTDGIFT...................................AQGA..N..A.L...T.E..V...P..Q......KPYV....GRLEP.G...LADEFRKRVQEHMESTKAEIEKMKAEHAKNLASLKAS.SAFVDAEKDIKNS.-.--.IQE....RGPEL.WRLEGHS...........TEADDSS.SS.W..SQK..............HNKKVDDIVAQVEANFGRHVEVLHSVHR........IQDG....GFQEPA.PEPVKEPSpipppassppv............qaagaepsgptSRRPSQ.AGS.Q...H...SG...V..M.V.G.DS.....DIDMG..............GTA.AGLLDEMH................--TGF..SA.TST.PV.N....NF.PTP..Q.T.Q.M..S.AL..NSTAGTP.ANV.......NAPSPAAVPPTIpeep....................etqapSGAGAGAGA..GEDVTMGETEP..................AKDASATAPDQ.GTGSGE..WVVV...PK..GGV.S..........PD.P.....A.ATAVAAAAP....TAAVTNE..GETP-.............................----.------------KP..V.AK..A.S.S.AAGTPAE..-.....------..........TPGGFS.S.L.G....DL.DSAGDAMASY....................................GASMGD..GLDIN..mEM........DD..SAFGDAFHGVSSTNT
E9E5X4.1/276-750      FDDEE.DIS..R..GDMFDHLTPREISLHRYQQNHEWMEEILSSAYRIGQI...QPS.DLNLG.L.KGE.LASLTEGIFT...................................AQGG..D..V.F...T.Q..S...P..E......KPYV....GRLDP.G...LADEFRKRVCKHVESTESEIKKLQEEHAELMASFKQN.SALKIKEKQIRSI.-.--.PDP....PVPEI.FKAEDRS...........DNVEEQR.AP.A..LQP..............EKTPFDDILKDVEASIGRKIDIHPVIKR........VQDG....GYQAPA.PKPPTPGPtt..............................qmSRQPSQ.SGS.Q...N...SG...L..M.M.G.DS.....DMDMG..............GTA.AGLLDQMH................--TGF..SS.TST.PV.N....NF.PTP..Q.A.Q.V..S.AA..QSNAPTP.SNV......hNIPSPAPALPTVpea.......................gpgSARPSHSHP..AGDVDMSGMGA.................hSKAQGDSAADQ.GTDSGD..WVVV...PK..GGA.S..........PD.G.....N.APSSAVSSA....AVTAPTA..AVPIAa...........................pTVTVgATSGQVAQQKLAPV..P.TK..P.I.S.AAATPAV..T.....DGGSAS.........fDQNDFS.S.L.G....DL.DTAGDAMAGYdapd............................ldgsAGGLGE..DLDLQ..mDM........DD..SAFGDAFHVD-----
A0A0P7BVH7.1/261-714  FDDEE.DVS..R..GDMFDHLTPREISLSRYQQNHEWMEEILSSPYRISQI...TPA.DLNLG.F.KGE.LASLTEGIFP...................................AQAG..D..A.F...S.S..L...P..E......KPYI....GRLDA.G...QADEFRKRVNQHIESTKAEIEKMQAAHAEALAKFKES.SLLNVKEKELRGV.-.--.VES....TGAEV.WRIEGRS...........DPHDEDA.GP.R..PTT..............-KKTIDEIVAEVESSTGLKVDAKSSISR........VQEG....GFQAPA.PEPAAAPTt...............................qlSRQASQ.AGS.Q...A...SG...V..L.V.-.ES.....DVDMG..............GTV.AGLLDQMG................--TGL..SA.TST.PA.N....SF.PTP..Q.A.Q.L..S.AA..RSGTATP.SNA.......NVPSPAPPHPSA.............................----QRAIG..GDDIAMGGTEQ.................pLRESIRTAPDQ.GTGSGD..WVVV...PK..GGA.T..........PD.P.....N.APAAGFATG....FASTVAS..ASAAE.............................----.----DGEAAKQALT..S.NK..P.L.S.AAATPAV..T.....DGGSGS.........fDQNDFS.S.L.G....DL.DSAGDALAGFdgpt............................ldgsAGELGD..GLDLN..mDM........ED..SAFGDAFHGVESSG-
H0EFB4.1/63-514       VDDEE.DTS..R..GDLFDHTTPREISESRYKQNHEWMEEVLSSPYAINQL...IPA.DLGLG.V.RGQ.LVRLTEGIFD...................................APLN..P..D.T...D.V..V...-..K......HNYV....GKLDP.E...KAELFRKRVGDEISQTNKEMEKIKAKHAKRMAKFKRG.SLITQAEKQLRTA.V.ND.PAA....TGPEY.WRLEGKI...........DTEDGDD.TP.P..VTQ..............TPSKVSDILAQVEASLGRHAAVVQELIC........VQKG....GYEEPV.ARPSPRAPvvp...........................sprvSPPASN.NGS.Q...N...SG...V..L.V.G.DA.....DIEMG..............GSA.AGLLDQYH................--TGL..SS.NAT.PA.S...gGF.PTP..Q.P.H.L..Q.A-..PSSAGTP.-NL.......TGASPRPMGQTS.............................----MHQMP..HNEVNMSNMGQ..................----TTEQPLD.NGGSGD..WVVV...PP..GGV.S..........PS.N.....N.IAQAPIHTM....QSSHMNA..PTAGT.............................----.----PASAPLTGNP..S.PH..P.T.G.SSNQTPL..A.....---DFH.........tSPNDFA.D.L.G....DL.DSAGDALAGYgeg.............................lggdSGGLGD.lTMDMD..gGM........DD..SAFGDAFHGVENP--
S3DHZ8.1/261-712      VDDEE.DTS..R..GDLFDHTTPREISESRYKQNHEWMEEVLSSPYAINQL...IPA.DLGLG.V.RGQ.LVRLTEGIFD...................................APLN..P..D.T...D.V..V...-..K......HNYV....GKLDP.E...KAELFRKRVGDEISQTNKEMEKIKAKHAKRMAKFKRG.SLITQAEKQLRTA.V.ND.PAA....TGPEY.WRLEGKI...........DTEDGDD.TP.P..VTQ..............TPSKVSDILAQVEASLGRHAAVVQELIC........VQKG....GYEEPV.ARPSPRAPvvp...........................sprvSPPASN.NGS.Q...N...SG...V..L.V.G.DA.....DIEMG..............GSA.AGLLDQYH................--TGL..SS.NAT.PA.S...gGF.PTP..Q.P.H.L..Q.A-..PSSAGTP.-NL.......TGASPRPMGQTS.............................----MHQMP..HNEVNMSNMGQ..................----TTEQPLD.NGGSGD..WVVV...PP..GGV.S..........PS.N.....N.IAQAPIHTM....QSSHMNA..PTAGT.............................----.----PASAPLTGNP..S.PH..P.T.G.SSNQTPL..A.....---DFH.........tSPNDFA.D.L.G....DL.DSAGDALAGYgeg.............................lggdSGGLGD.lTMDMD..gGM........DD..SAFGDAFHGVENP--
I1RC12.1/261-697      FDDEE.DVS..R..GDMFDHLTPREISLSRYQQNHEWMEEILSSPYRISQI...TPA.DLNLG.F.KGE.LASLTDGIFP...................................AQGV..E..A.F...T.S..G...P..E......KPYI....GRLDP.D...KAEEFRKRVNNHIDSTKSEIEKMQADHTKALAKFKEN.SLLNTKEKELRNV.-.--.TEG....TGTEV.WRIEGKV...........DPNDEDP.AP.R..PTS..............-TKTVEEIVSEVENATGKKVEPKPTVSR........VQDG....GYQPPA.PEPAQAGTs...............................qlSRQPSQ.SGS.Q...N...SG...I..M.I.G.ES.....DIDMD..............GTV.AGLLDQMH................-----..TS.TST.PL.N....AF.GTP..Q.P.Q.A..S.AN..QSGVGTP.SNA......nTAPVP-------.............................--------V..VGDVTMGGTQE..................LKDSNVTAPDQ.GTGSGD..WVVV...PK..DGP.S..........--.-.....N.EQADQQPGS....GTASVNA..NTPV-.............................----.-----APGIDATRS..V.AK..T.A.S.AGATPAA..G.....TPGGSVs........fDQNDFS.S.L.G....DL.DSAGDALAGFdgpt............................ldgsAGELGE..GLDLS..mDM........DD..SAFGDAFHGVDTSG-
J3P9K2.1/282-754      FEDDE.DTS..R..GDMFDHVTPRDVSVARYTQNHEWMEEVFASPYRMSQI...ELP.DLGLG.L.KGE.LASVTQGVFE...................................AQGE..K..A.E...K.E..V...P..K......KAYV....GRLDK.D...LADEFRKRVDERIEATQAEMKRMEAEHAKTLAEIEKG.RLFTRAERELRG-.-.--.PSD....NSSEF.WRLEGRL...........DGTEDGG.RA.G..GRR..............--KDPDEVAATVETTVGRKPVEVQDVLR........VQAG....GYQEPV.VEPPRVEPasqplldpl...............ladpatassmSRHPSH.AGS.Q...N...SG...I..M.V.G.DS.....DIDMG..............GTA.AGLLDQMH................--TGF.pSS.TST.PV.N....NF.PTP..Q.P.Q.L..Q.AG..HSNAGTPqAGA.......QVPSPHPPPPGQ.............................QHQQHPVSA..SHDVDMANSATge.............aagKEATPLTAPDQ.GTGSGD..WVVI...PKttGAE.M..........PL.G.....A.GTVAAHASP....AVPGATA..GGDVG.............................AGMEpQAKPPMAGNMQGLG..A.SK..P.G.S.AMGTPD-..-.....------..........---NFS.S.L.G....DIvEGGGDALASFg..................................gTPGVGD..DLDLN..mDM........ED..SAFGDAFHGVSESR-
A0A507BHE1.1/270-749  YDDDE.DTS..R..GDLFDHMSPREVSLMRYQQNHEWMEEILLSPYRVAQL...EHA.DLNLG.L.KGE.LSPMTEGIFE...................................AQGS..E..A.L...S.T..L...P..K......KPYV....GHLDA.G...LADDFRKRVEEKIKSTNAEIEEMKAEHAKRLAKYKTN.SLLKHAEQELRVS.-.--.VEE....TGPEI.WRLEGRH...........DDNDEAT.GR.W..GSK..............QHRTIDEIVGEVEAALGRKVEVSHEARR........VQDG....GYQEPE.PEPEPEPEpelepepqpepepepsvvepkveestnsapenemSRQPSQ.APS.Q...G...SG...L..L.V.G.DS.....DVDMG..............NTA.AGLLDQMH................--TGL..ST.TST.PI.N....NF.PTP..Q.P.Q.L..S.AV..PSNAGTP.ANV.......GAPSPQPATQPS.............................-----QQPT..SGDVTMGDSEPp................kDTSAPTSAPDQ.GTDSGD..WVVV...PK..DGV.S..........PP.G.....P.SPQAAGDAV....NAQPQVV..QPPTA.............................VPPQpETVPTPSAPAAEGA..T.SK..P.T.S.AAATP--..-.....------..........-GVDFS.S.L.G....DL.DSAGDALAGYd.................................gsGLEGGE..DLDLN..mDM........ED..SAFGDAFHGVDESR-
A0A084QKE2.1/261-717  FDDDE.DTS..R..GDMFDHLTPREISLSRYQQNHEWMEEILSSPYRINQI...TPP.DLGLG.L.KGE.LASLTEGIFI...................................AQGG..D..A.L...K.QllD...S..E......KGYV....GRLDA.G...QADEFRKRVDKHIESTKAEIEKMQAEHAEALAQFKKS.SVVATKEKLLRSL.-.--.PED....TGLGA.VKIEGRS...........EPSDEDT.SS.R..PPP..............-KETAEDIAKEVESVTGLKITSAPSVKR........VQEG....GYQAPA.PEPAAPAAtgs...........................ngpmSRQPSN.AGS.Q...N...SG...I..M.I.G.ES.....DIDMG..............GTA.AGLLDQMH................--TGF..SS.TST.PI.N....NF.PTP..Q.P.H.M..S.AL..QSNVATP.SQV.......HTQSPAPAQPPS.............................------HSA..VGDVSMGGTEA.................vPAGPAATVSDQ.GSGSGD..WVVV...PK..GGE.A..........QD.S.....S.TSV-AQG--....-TSGPNQ..AQAL-.............................----.-SAPDSGTAKAHPA..A.AK..P.M.S.AAGTPAV..T.....DGGSVT.........fDQNDFS.S.L.G....DL.DTAGDALSGYdapa............................ldggAEELGD..GLDLN..mDM........ED..SAFGDAFHGVESSG-
A0A370T925.1/263-716  VDDEE.DTS..R..GDLFDHTTPREISMSRYKQNHEWMEEILSSPYAINQI...IPA.DLGLG.V.RGE.LASLTEGIFD...................................APFN..P..D.K...D.V..V...-..N......NSYV....GRLDA.G...KADQFRKRAHERVGQISKEMEKMKAKHDKRLAKFQSG.SLISAAEKQLRTA.V.HD.PSD....TGPEY.WRLEGKI...........DMEDDED.TK.P..AAP..............TPSKVSDILAQVEASLSRHVATMQEMVR........IQDG....GYEEQT.SAPSPQVPtvp...........................spraSPPRSR.NGS.Q...H...SG...V..L.V.G.DA.....DMDMG..............GSV.AGLLDQFH................--TGI..SS.NAT.PG.S....NF.PTP..Q.P.H.L..Q.G-..HSSVGTP.TNL.......ATASPQPSAQIS.............................----AEQPI..QSDVNMSDNGT..................------SNQQP.AADTGE..WVVV...PP..GGV.S..........PT.N.....N.SAQAPPSTT....SQP--PE..ITAPT.............................---A.HTVSTPSAPLTTNP..S.PL..P.T.-.ASSNQTP..L.....PDF-HT..........SPNDFA.D.L.A....DL.DTAGDALASYgeg.............................lgggDGGLGD.lSMDMD..gAM........DD..SAFGDAFHGVDERT-
A0A194XEC4.1/262-710  -DEEE.DTS..R..GDLFDHVSPRDISMNRYKQNHEWMEEVLSSPYSLNQI...IPA.DLGLG.L.RGE.LSSLTDGIFD...................................APQD..P..E.T...D.V..E...-..K......HLYV....GRLDP.E...KAEEFRKRANEQIAQTNKDIEKAKAKHAKRLAKFQKG.SLITISEKALRTA.V.ND.PTD....TGPEY.WRLEGRI...........DEDDGEE.GK.T..VSR..............IPSKVDDIVAQVEASVGRHAAAVKELIR........IQDG....GYEEAP.AAPSPQAAaes...........................tprvTPPGSN.NGS.Q...H...SG...V..L.V.G.DV.....DMDMS..............NSA.AGLLDQYH................--TGL..SS.NAT.PG.S....NF.ATP..Q.P.H.L..Q.A-..HSSTSTP.-NL.......NVPSPQPNVQ--.............................-------QP..ENDVPMGDAAP..................---SEQTASGD.ASGTGD..WVVV...PP..GGV.S..........PG.P.....T.SAQDEAPA-....TSTPLPS..ENVPA.............................--PA.TSAISHPSPLPTTT..A.--..P.T.S.SANTPGL..P.....--DFHT..........SPNDFA.D.L.G....DL.DTAGDALASYgdd.............................isgeHEDLGD.mGLDMD..vGM........DD..SAFGDAFHGVEQR--
A0A179HQH4.1/264-728  FDDDE.DIT..R..GDMFDHLTQREISLSRYKQNHEWMEEILSSAYRMNQI...TPT.DLGLG.L.KGE.LASLTEGIFT...................................AQGG..E..A.I...A.V..E...-..-......KPYV....GRLDS.G...LADEFRKRVNNHIESTQAEIKKMQEAHADAMAKLKES.SLFVTKETELRAL.D.DD.VTG....FGQN-.---DSHT...........DGAAKGD.GK.P..RHP..............PKKTVDEVIEELEQAVGRKIESHPAVKR........VQEG....GYQAPA.PEPQAPPAed.............................aqmSRQPSQ.AGS.Q...A...SG...L..M.LgG.ES.....DIDMG..............GTA.AGLLDQMH................--TGF..SS.MST.PV.N....NF.PTP..Q.A.Q.M..S.AA..QSNAPTP.SNA......nNAPSPAPAQSSAap........................eaqDSAAAPPQP..NADVDMGGTESpa..............kaAEPAATTAPDQ.GTGSGD..WVMV...PK..GGA.T..........PE.A.....T.SAGQEAPAT....TAAAEEE..APKPD.............................----.---------AAAQA..A.AK..P.P.S.AAATPAV..T.....DGGSAT.........fDQNDFS.S.L.G....DL.DTAGDALAGYdapd............................ldgsAGELGD..GLDLQ..mDM........ED..SAFGDAFHGVDASNT
A0A2J6PH13.1/263-717  IDDEE.DTS..R..GDLFDHTTPREISMSRYKQNHEWMEEILSSPYSINQI...IPA.DLGLG.V.RGE.LASLTAGIFD...................................APFD..P..E.K...D.V..A...-..K......HTYV....GRLDP.E...KADEFRKRADDRIAQTNREIEKMKLKHARRLAKFQKG.SLITISEKQLRTA.V.DD.PTD....TGPEY.WRLEGRV...........DEEDNED.GK.A..VSR..............VLPKVDDIVAQVEASVGRHAAAVKELIR........IQDG....GYEEAL.AISSPPPApaep..........................tpqiTPPGSH.NGS.T...H...SG...V..L.V.D.DA.....DMDMS..............NSA.AGMLDQYH................--TGL..SS.NAT.PG.S....SF.PTP..Q.P.H.P..Q.Q-..-SSVGTP.-NL.......NIPSPQPAAPPN.............................----TQQPT..QSDINMADGPS..................----NEQASSN.DQPGGD..WVVV...PP..GGV.S..........PT.T.....T.QAQPP---T....VSADQAQ..SQPPH.............................----.TTSAPISTASPF-P..L.TA..G.T.S.AVNTPGL..P.....--DFHT..........SPNDFA.D.L.G....DL.DTAGDALASYeg................................lgEGEMGD..LGDLG...EMgmvmggemDD..SAFGDAFHGVEQHH-
A0A3M9XY85.1/280-731  LEDED.--L..Y..GDVFDTLTPRDIALSRYQQNHEWMEEVWSSPYSLIHI...TPP.DLGLG.L.KGE.LAPLTDGIFS...................................SQGG..E..A.H...L.E..N...P..K......KPYV....GKLDK.G...LADEFRKRAQEHIDTTNAEIEKMKADHEAAIAKMKAN.ATILSAEKELRHS.-.--.VEE....RGAEF.WRLEGQV...........TDSDEGS.SA.W..SQK..............HNKKIDDIVAQVEAHLGRQIAVLHGVNR........VQAG....GYLEPV.PEPVKKATpvpvkeatpva............lpnvgaesndmSRRPSH.AGS.Q...Q...SG...A..T.G.D.DA.....DIDMG..............GTA.AGLLDEMH................--TGL..SS.TST.PL.-....NF.PTP..-.-.-.-..S.GL..NSGVATP.ANL.......GAPSPAPAAASG.............................--------P..GPDVSMANTDA..................-NKDAAASSGQ.DQGSGD..WVVV...PK..GGV.S..........PD.T.....N.ANTTPAPAP....APAPDAA..A----.............................----.----AAAATAPTAV..A.AR..Q.G.S.AVGTPAL..T.....E-----..........GDNDFS.S.L.G....DL.DTAGEALAGYdgg.............................ldggAGSLGD..GLDLN..mEM........ED..SAFGDAFHGASNTNT
A0A168B2Z1.1/260-730  VDDEE.DVS..R..GDMFDHLTPREISLNRYQQNHEWMEEILSSAYRIGQI...QPS.DLNLG.L.KGE.LAHLTEGIFT...................................AQGG..D..V.F...T.Q..S...P..E......KPYV....GRLDA.G...LADEFRKRVEKHIESEQAEIRKLEEEHAQFMAGFNTI.SLLKSKEKELRSI.-.--.PDP....PAPKI.FKPEEGS...........DGAEEAR.KP.E..ALP..............TETPFDEILKDVESVIGKKIITDPRLRR........VQDG....GYQAPA.PKVPTPAAav..............................qmSRQPSQ.AGS.Q...N...SG...L..M.I.G.DS.....DMDMG..............GTA.AGLLDQMH................--TGF..SA.MST.PV.N....NF.PTP..Q.A.Q.P..S.AV..HSNAPTP.PNA......rQSHSPLPGAGLGvnanaa.................avhaaaAAAAAVARP..SGDVAMTGTDA.................lSRDQAASAPDQ.GTGSGD..WVVV...PK..GGA.S..........PE.E.....S.NRTSA---P....RTGPATA..GTSA-.............................----.--ESDNDQQKQAGI..S.AK..P.A.S.SANTPAV..T.....DAGSAT.........fDQNDFS.S.L.G....DL.DTAGDALAGFdapd............................ldgsAGGLGD..GLDLQ..mDM........DD..SAFGDAFHGVEAT--
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A0A5N5PLU2.1/266-734  FDDDE.DTM..K..GDAFDHITPRDVSMQRYQQNHELMEEVLSSPYRMGQI...VVA.DLGLG.L.RGE.LASLTEGIFE...................................SQGA..R..A.L...E.E..M...P..K......KPYI....GHLDA.G...LADEFRKRVNQKVDETNAEIEKMKADHEKRMAKLRNN.AVVKHAEVELRSA.-.--.--D....TGVEG.FNMWDTVq.........dDDAEDAP.ES.W..SAK..............QNKTMDQILAQVEAALGKHAVVVNQVTR........VQEG....GYLEPV.PEPEPPVPpiseeapppapvad......taiagtipgptssmSRQPSQ.AGS.Q...H...SG...V..M.I.G.DA.....DIDMG..............GTA.AGLLDQMH................--SGF..SA.AST.PG.N....NF.PTP..Q.A.H.L..S.AP..QSNVGTP.ANF.......NAPSPQPPQADGp..........................sdAPPAAPKTA..PEDVTMEDADH..................SKPTGDTASDQ.GTGSGD..WVVV...PK..HDA.T..........AA.P.....Q.QQQ---PSA....------T..GTPS-.............................----.-ATTGAAPTQPQPT..S.SK..P.G.S.AAPTPGG..-.....-GAGTF..........DNNDFS.S.L.G....DL.DTAGDALAGYdpp..............................sisASAGAG..GLDM-...DM........ED..SAFGDAFHGV-----
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