# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID SWI-SNF_Ssr4_C #=GF AC PF20497.1 #=GF DE SWI/SNF and RSC complexes subunit Ssr4 C-terminal #=GF AU Chuguransky S;0000-0002-0520-0736 #=GF GA 22.0 22.0 #=GF NC 21.9 21.8 #=GF TC 22.0 22.0 #=GF SE Wood V #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF RN [1] #=GF RM 33263569 #=GF RT The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a #=GF RT Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein. #=GF RA Newman J, Nebl T, Van H, Peat TS; #=GF RL Acta Crystallogr F Struct Biol Commun. 2020;76:583-589. #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC This entry represents the C-temrinal domain of Ssr4 (SWI/SNF and #=GF CC RSC complexes subunit ssr4), an essential component of the #=GF CC chromatin-remodelling SWI/SNF and RSC (remodelling the structure #=GF CC of chromatin) complexes only found in S. pombe [1]. This domain #=GF CC contains a conserved RYxxxHEWMEEI/V motif. RSC is involved in #=GF CC transcription regulation and nucleosome positioning which #=GF CC controls, particularly, membrane and organelle development #=GF CC genes. The ATP-dependent chromatin remodelling complex SWI/SNF #=GF CC is required for the positive and negative regulation of gene #=GF CC expression of a large number of genes through the regulation of #=GF CC nucleosome remodelling. #=GF SQ 359 N4W4X5.1/267-721 -DDEE.--L..E..KDLFDHLTPRDISFARYQQNHEWMEEIVSSPYGLSQI...TPP.DL....GL....G.L.KG..E.LSYLTDGI..FT....................................AQSA..N..A..L...T.E..P...P..Q......KPYI....GRLDA.G...LADEFRKRVQ........EHLESTKAEMEK.MKAEHAKNLASLKSS.SV..FVDGEKELKNS.-.--..IEE....RGPEL.WRLEGHS............TDS.DD.....SP...TS.W..SQK..................HNKKVEDIVAQVEA...KVGRQIQVLHSVHR........VQDG....GFQEPA.P.EPVKEPTpipaptvsphv...................aasgpepsgpaSRRPSQ.AGS.Q...H...SG...V..M.V.G.DS...........DV..DMG..............GTA.AGLLDQMH....................--TGF..SA.TST.PV.N....NF.P.TP..Q.A.H..I..S.A.I..NS..TAGTP...ANA.......NAP.SPAPVPPTIp..................................eePEAQA...TTGG..DEDVTMGNTEP...................PNDAPAT.APDQ.GTGSGD..WVVV...PK..GGV.S..........PD.D.....A.AAAA......AA.......A.AT....TAVP.PAD..-----.............................----.--------GEASKP..T.PK..A.P.S.AAATPAG..-.....-----E..........TPGGFS.S.L.G....DL.DTAGD..AMASY....................................GGSLGD..GL.DM..N..aEL........DD..SAFGDAFHGISNTNT C7YKL5.1/261-709 FDDDE.DVS..R..GDMFDHLTPREIALSRYQQNHEWMEEILSSPYRISQI...TPA.DL....GL....G.F.KG..E.LASLTEGI..FP....................................TQG-..D..A..F...A.T..G...P..D......KPYI....GRLDP.E...KADEFRRRVT........EHIESTKAEIER.MQAAHAEALAKFKAN.SI..FDSKEKELRNV.-.--..VEG....TGTEI.WRVEGKV............DPL.DD.....DP...SP.R..PVS..................-KKTAEDIVSEVEN...ATGKKAVSKPVVSR........IQDG....GYQAPA.P.EPTQAAAq.......................................lSRQASQ.SGS.Q...N...SG...V..M.I.G.ES...........DV..DMG..............GTA.AGLLDQMH....................--TGI..SA.TST.PM.N....TF.G.TP..Q.P.N..L..T.A.-..-S..GAGTP...SNP.......NVP.SPAPGQAGA.....................................----T...SAPG..GGDVTMGGTEA...................SKDQTTT.APDQ.GTGSGE..WVVV...PK..DGA.T..........PD.P.....N.APAN......AA.......A.GS....GTAS.ANA..NTPNA.............................----.------QGLENKPA..A.PK..T.A.S.AGATPAA..A.....TPGGSLs........fDQNDFS.S.L.G....DL.DTAGD..ALAGFdgpt............................ldgsAGELGE..GL.DL..S..mDM........ED..SAFGDAFHGVEASG- E3Q6J3.1/264-717 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T0K1F7.1/267-713 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A0A1Q8RVI0.1/268-727 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A0A010QIN6.1/264-718 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E9E5X4.1/276-750 FDDEE.DIS..R..GDMFDHLTPREISLHRYQQNHEWMEEILSSAYRIGQI...QPS.DL....NL....G.L.KG..E.LASLTEGI..FT....................................AQGG..D..V..F...T.Q..S...P..E......KPYV....GRLDP.G...LADEFRKRVC........KHVESTESEIKK.LQEEHAELMASFKQN.SA..LKIKEKQIRSI.-.--..PDP....PVPEI.FKAEDRS............DNV.EE.....QR...AP.A..LQP..................EKTPFDDILKDVEA...SIGRKIDIHPVIKR........VQDG....GYQAPA.P.KPPTPGPtt.....................................qmSRQPSQ.SGS.Q...N...SG...L..M.M.G.DS...........DM..DMG..............GTA.AGLLDQMH....................--TGF..SS.TST.PV.N....NF.P.TP..Q.A.Q..V..S.A.A..QS..NAPTP...SNV......hNIP.SPAPALPTVpea...............................gpgSARPS...HSHP..AGDVDMSGMGA..................hSKAQGDS.AADQ.GTDSGD..WVVV...PK..GGA.S..........PD.G.....N.APSS......AV.......S.SA....AVTA.PTA..AVPIAa...........................pTVTVgATSGQVAQQKLAPV..P.TK..P.I.S.AAATPAV..T.....DGGSAS.........fDQNDFS.S.L.G....DL.DTAGD..AMAGYdapd............................ldgsAGGLGE..DL.DL..Q..mDM........DD..SAFGDAFHVD----- A0A0P7BVH7.1/261-714 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H0EFB4.1/63-514 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G9MVN2.1/263-729 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S3DHZ8.1/261-712 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A0A175W9H5.1/267-725 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J3P9K2.1/282-754 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A0A066X0N6.1/264-715 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A0A3N4IK45.1/305-652 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A0A1Y1Z5N4.1/358-393 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A0A0L0HAQ9.1/201-247 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