# STOCKHOLM 1.0 #=GF ID SWI-SNF_Ssr4_C #=GF AC PF20497.1 #=GF DE SWI/SNF and RSC complexes subunit Ssr4 C-terminal #=GF AU Wood V;0000-0001-6330-7526 #=GF AU Chuguransky S;0000-0002-0520-0736 #=GF SE Wood V #=GF GA 22.00 22.00; #=GF TC 22.00 22.00; #=GF NC 21.90 21.80; #=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann #=GF SM hmmsearch -Z 61295632 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq #=GF TP Domain #=GF RN [1] #=GF RM 33263569 #=GF RT The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a #=GF RT Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein. #=GF RA Newman J, Nebl T, Van H, Peat TS; #=GF RL Acta Crystallogr F Struct Biol Commun. 2020;76:583-589. #=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain; #=GF CC This entry represents the C-temrinal domain of Ssr4 (SWI/SNF and #=GF CC RSC complexes subunit ssr4), an essential component of the #=GF CC chromatin-remodelling SWI/SNF and RSC (remodelling the structure #=GF CC of chromatin) complexes only found in S. pombe [1]. This domain #=GF CC contains a conserved RYxxxHEWMEEI/V motif. RSC is involved in #=GF CC transcription regulation and nucleosome positioning which #=GF CC controls, particularly, membrane and organelle development #=GF CC genes. The ATP-dependent chromatin remodelling complex SWI/SNF #=GF CC is required for the positive and negative regulation of gene #=GF CC expression of a large number of genes through the regulation of #=GF CC nucleosome remodelling. #=GF SQ 920 A0A4R8TED7.1/267-721 -DDEE.--L..E..K..DLFDHLTPRDISFARYQQNHEWMEEIVSSPYGLSQI....TPP.DL....GL....G.L.KG..E.LSYLT.DGI..FT....................................AQS.A..N..A..L...T...E..P...P..Q......K....PY....I....GR......L.DA.G...LADEFRKRVQ........EHLESTKAE........MEK.MKAEHAKNLAS.L..KSS.SV..FVDGEKELKNS.-.--..IEE....RGPEL.WRLEGHS.......................TDS.DD.....SP...TS.W..SQK..................HNKKVEDIVAQVEA...KVGRQIQVLHSVHR........VQD....G....GFQEP.A.P.EP..VKEPTpipaptvsphv.....................aasgpepsgpaSRRPS.Q.AG.S.Q....H...S..G...V..M...V.G.DS...........DV..D.MG..............GT.A..AG.LL.D..Q..MH....................--T.GF...SA.TST.PV....N....NF.P.TP..Q.A.H..I..S.A.I..N.S...TAGT.P...ANA.......NAP.SP.APVPPTIp..................................eePEAQ.A...TTG...G..DED...V....TM.GNTEP...................PNDAPAT.APDQ.G.T.GSGD..W.VVV.............PK..GGV..S..........P....D.D.....A.AAA..A......AA.......A..A.....T....T.A.VP.PAD..-----.............................----..--------GE.ASK..P..T..PK..A.P.S.A.AATPAG..-.....-----E..........TPGGFS.S.L.G....DL..DT..A...GD..AMASY....................................GGSLGD...GL.DM..N..aE.L........DD..SAFGDAFHGISNTNT N4W4X5.1/267-721 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A0A4R8RPW1.1/267-721 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A0A4R8PKG8.1/267-721 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A0A428TPH3.1/261-707 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A0A428QWI8.1/261-707 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A0A428UQH7.1/261-707 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C7YKL5.1/261-709 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A0A3M2S138.1/261-707 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K3UG57.1/261-696 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A0A100IIY4.1/270-683 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Q2UM98.1/167-580 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A0A3M2SVF8.1/269-538 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A0A167R5I3.1/265-505 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A0A2P4Z916.1/263-502 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M2ZPM4.1/257-468 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A0A4S2N2A4.1/82-412 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A0A433D2S5.1/89-139 ---EG.EDP..S..G..DELDDISARDIAMARYKRNHDYLAEVF-SPYPISAI....TGP.AL....DL....P.L.--..-.-----.---..--....................................---.-..-..-..-...-...-..-...-..-......-....--....-....--......-.--.-...----------........---------........---.-----------.-..---.--..-----------.-.--..---....-----.-------.......................---.--.....--...--.-..---..................--------------...--------------........---....-....-----.-.-.--..-----...........................................-----.-.--.-.-....-...-..-...-..-...-.-.--...........--..-.--..............--.-..--.--.-..-..--....................---.--...--.---.--....-....--.-.--..-.-.-..-..-.-.-..-.-...----.-...---.......---.--.-------.....................................----.-...---...-..---...-....--.-----...................-------.----.-.-.----..-.---.............--..---..-..........-....-.-.....-.---..-......--.......-..-.....-....-.-.--.---..-----.............................----..----------.---..-..-..--..-.-.-.-.------..-.....------..........------.-.-.-....--..--..-...--..-----....................................------...--.--..-...-.-........--..--------------- A0A2I1E9X0.1/33-77 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A0A162TAW1.1/3-51 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A0A261XYG6.1/85-133 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A0A162NHF6.1/31-117 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A0A433QIV7.1/89-139 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A0A1X0S6S8.1/9-148 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A0A2I1GLV9.1/55-99 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-EDAE.-EP..S..G..DELDFLTAKDVAVARYKRNHDYIAEVF-SPYPTSRI....IPP.--....--....-.-.--..-.-----.---..--....................................---.-..-..-..-...-...-..-...-..-......-....--....-....--......-.--.-...----------........---------........---.-----------.-..---.--..-----------.-.--..---....-----.-------.......................---.--.....--...--.-..---..................--------------...--------------........---....-....-----.-.-.--..-----...........................................-----.-.--.-.-....-...-..-...-..-...-.-.--...........--..-.--..............--.-..--.--.-..-..--....................---.--...--.---.--....-....--.-.--..-.-.-..-..-.-.-..-.-...----.-...---.......---.--.-------.....................................----.-...---...-..---...-....--.-----...................-------.----.-.-.----..-.---.............--..---..-..........-....-.-.....-.---..-......--.......-..-.....-....-.-.--.---..-----.............................----..----------.---..-..-..--..-.-.-.-.------..-.....------..........------.-.-.-....--..--..-...--..-----....................................------...--.--..-...-.-........--..--------------- S2KBE9.1/77-162 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A0A2H5RS78.1/259-303 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A0A060T077.1/32-74 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-----.---..S..G..DELDDISARDIAMARYKRNHDYFSEIFT-PYNADSI....VPP.PL....DI....S.QsKE..D.LLQLI.D--..-E....................................QQQ.R..A..K..E...Q...Q..E...Q..H......D....NK....I....KQ......F.-K.Q...EHDQFWKSIA........---------........---.-----------.-..---.--..-----------.-.--..---....-----.-------.......................---.--.....--...--.-..---..................--------------...--------------........---....-....-----.-.-.--..-----...........................................-----.-.--.-.-....-...-..-...-..-...-.-.--...........--..-.--..............--.-..--.--.-..-..--....................---.--...--.---.--....-....--.-.--..-.-.-..-..-.-.-..-.-...----.-...---.......---.--.-------.....................................----.-...---...-..---...-....--.-----...................-------.----.-.-.----..-.---.............--..---..-..........-....-.-.....-.---..-......--.......-..-.....-....-.-.--.---..-----.............................----..----------.---..-..-..--..-.-.-.-.------..-.....------..........------.-.-.-....--..--..-...--..-----....................................------...--.--..-...-.-........--..--------------- 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A0A642VEK8.1/47-89 -----.-GG..L..G..DEVDSISLRDVASVRYVRYHEWMELVLGSAVDTRRI....VPP.--....--....-.-.--..-.-----.---..--....................................---.-..-..-..-...-...-..-...-..-......-....--....-....--......-.--.-...----------........---------........---.-----------.-..---.--..-----------.-.--..---....-----.-------.......................---.--.....--...--.-..---..................--------------...--------------........---....-....-----.-.-.--..-----...........................................-----.-.--.-.-....-...-..-...-..-...-.-.--...........--..-.--..............--.-..--.--.-..-..--....................---.--...--.---.--....-....--.-.--..-.-.-..-..-.-.-..-.-...----.-...---.......---.--.-------.....................................----.-...---...-..---...-....--.-----...................-------.----.-.-.----..-.---.............--..---..-..........-....-.-.....-.---..-......--.......-..-.....-....-.-.--.---..-----.............................----..----------.---..-..-..--..-.-.-.-.------..-.....------..........------.-.-.-....--..--..-...--..-----....................................------...--.--..-...-.-........--..--------------- 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A0A372RI79.1/260-304 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S9Q331.1/250-296 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A0A2H5RSA1.1/273-317 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A0A0C3C2Y4.1/250-283 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Q9P7Y0.1/265-313 -EDLE.-IE..K..G..DVMDKLSPQQICTARFIKHAEWMSQVLLTLQSVKDI....EPP.AL....--....-.-.--..-.-----.---..--....................................---.-..-..-..-...-...-..-...-..-......-....--....-....--......-.--.-...----------........---------........---.-----------.-..---.--..-----------.-.--..---....-----.-------.......................---.--.....--...--.-..---..................--------------...--------------........---....-....-----.-.-.--..-----...........................................-----.-.--.-.-....-...-..-...-..-...-.-.--...........--..-.--..............--.-..--.--.-..-..--....................---.--...--.---.--....-....--.-.--..-.-.-..-..-.-.-..-.-...----.-...---.......---.--.-------.....................................----.-...---...-..---...-....--.-----...................-------.----.-.-.----..-.---.............--..---..-..........-....-.-.....-.---..-......--.......-..-.....-....-.-.--.---..-----.............................----..----------.---..-..-..--..-.-.-.-.------..-.....------..........------.-.-.-....--..--..-...--..-----....................................------...--.--..-...-.-........--..--------------- 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A0A371C3Y3.1/37-63 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A0A7H0KUR6.1/37-63 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Q6C178.1/37-63 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A0A067TUG2.1/257-290 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A0A137QLI7.1/243-277 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A0A507DVM3.1/199-247 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A0A409YBR7.1/251-283 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A0A5C3MHU2.1/252-285 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A0A0D2PMU2.1/262-295 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A0A077R0T4.1/131-162 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I2FS56.1/129-161 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